V každém regionu České republiky má železnice velký význam pro dopravu cestujících i zboží, ale málokde mají tratě tak vysoký potenciál pro turistické využití jako na Vysočině. Úplně všechny úseky železnic, které jí procházejí (a není jich zrovna málo!), totiž spojuje okolní překrásná kopcovitá a rybničnatá krajina Českomoravské vrchoviny, kde v létě přitažlivě voní seno z luk a jehličí z hustých lesů a v zimě pak zasněžené stráně mírných kopců lákají k obutí běžek a příkřejší svahy k pořádnému vyzkoušení sjezdových lyží nebo snowboardů.
Na Vysočině nenajdete tratě fádní, rovné, obklopené buď nevábnými průmyslovými objekty, nebo nekonečnými lány zemědělské velkovýroby. V tom je zdejší kraj zcela ojedinělý – ať projíždíte vlakem kterýmkoliv koutem Vysočiny, můžete vnímat krásu okolní přírody, kde je jen málo rušivých prvků. A pomocí vlaku můžete snadno navštívit kulturní památky v městečkách i vesnicích rozesetých všude kolem; naprostá většina z nich je dobře dosažitelná vlakem Českých drah.
Mezi nimi vévodí Jihlava, která je nejen přirozeným centrem celého Horácka, ale i středem jeho železniční sítě, z něhož vycházejí důležité tratě do Havlíčkova Brodu a Prahy, Veselí nad Lužnicí a Českých Budějovic, nebo Třebíče a Brna. Vlaky do Jihlavy začaly jezdit už v roce 1871, kdy byla dokončena trať z Kolína a Havlíčkova Brodu, pokračující dále přes Okříšky do Znojma a Vídně. Kromě rychlíků do Prahy či Brna jezdí dnes přes Jihlavu i dálkové spoje z Bohumína a Ostravy do Českých Budějovic a Plzně, představující významnou alternativu ke spojení Moravy s jižními a západními Čechami přes Olomouc a Prahu.
Na hlavní tratě navazují malebné lokálky, kterými se můžete přepravit třeba do historických městeček Třešť a Telč (na trati z Kostelce u Jihlavy do Slavonic), do Jemnice (železnicí z Moravských Budějovic, prohlášenou v roce 1996 za národní kulturní památku) nebo do Humpolce na konečné regionální dráhy z Havlíčkova Brodu.
Ten je po Jihlavě nejvýznamnějším železničním uzlem celého kraje a prochází jím nejdůležitější trať Vysočiny z Kolína do Žďáru nad Sázavou a Brna – bohužel jediná dvoukolejka Vysočiny, dokončená v úseku mezi Havlíčkovým Brodem a Brnem až v roce 1953. Spojnicí mezi oběma tratěmi směřujícími z Vysočiny do Brna je lokálka ze Studence do Křižanova přes Velké Meziříčí (starobylého města s památkovou zónou), jejíž poslední část byla dokončena také až v roce 1953 – tím výstavba železných drah na Vysočině, doufejme že jen prozatím, skončila. Společným jmenovatelem železnic v severní části Vysočiny je horní tok řeky Sázavy, vytékající z Velkého Dářka a klikatící se podél několika tratí až k soutoku s Vltavou nedaleko od Prahy. Hlavní dvoukolejná trať se totiž k Sázavě přimyká ve Žďáru, aby ji pak za Světlou po 50 kilometrech opustila a přenechala její sledování 90 kilometrů dlouhé posázavské lokálce do Ledče, Zruče a Čerčan a odtud jiné regionální železnici vedené až do Davle dalších 30 kilometrů podél Sázavy.
Krajská samospráva Vysočiny si dobře uvědomuje obrovský význam železnic nejen pro všednodenní cesty do škol, zaměstnání a na úřady, ale i pro turistický ruch. Proto si od největšího železničního dopravce – akciové společnosti České dráhy – objednala na rok 2006 i velké množství vlaků jezdících o víkendech a během školních prázdnin. Podobně byla víkendová vlakové doprava zachována i na turisticky přitažlivé privátní úzkorozchodce z Obrataně do Kamenice nad Lipou, pokračující dále do Jindřichova Hradce v jižních Čechách. Nic tak nebrání využít některé ze slev nabízených Českými drahami a o prázdninách či při dovolené projezdit vlakem křížem krážem celou Vysočinu.
Význam železniční dopravy na Vysočině v příštích letech zcela jistě vzroste, neboť silniční síť a hlavně dálnice D1 je beznadějně přetížená. Přispět by k tomu v první řadě měla plánovaná výstavba jihlavské spojky mezi tratěmi do Brna a Veselí nad Lužnicí a elektrizace tratě z Jihlavy přes Třebíč do Brna; tyto stavby umožní, aby rychlíky v Jihlavě už nemusely přepřahat mezi elektrickou a motorovou trakcí a jejich průjezd městem se výrazně zrychlil. Stoupne také význam železniční stanice Jihlava-město, kde budou zastavovat i dálkové vlaky a která se stane skutečným hlavním jihlavským nádražím, snadno dosažitelným pěšky z historického centra.