„Pohřběte mrtvé a nakrmte živé,“ odpověděl první ministr Sebastiao José de Carvalho e Mello, pozdější markýz Pombal, svému zoufalému králi, který bezradně obhlížel trosky Lisabonu zničeného zemětřesením. Udeřilo v Den svatých v roce 1755. Pobořilo kostely plné věřících, od planoucích svíček se šířily požáry. Lidé před nimi prchali k Teju, jeho vzedmuté vlny však jen dokončily dílo zkázy. Město leželo v rozvalinách a oplakávalo tisíce obětí.
Následky katastrofy zmírnily pohotové záchranné akce řízené Pombalem. V chaosu a hrůze si vyhradil plné moci a s energií sobě vlastní zmobilizoval pomoc pro raněné, opatřil potraviny hladovým a zajistil přístřeší pro osoby, které zemětřesení připravilo o jejich příbytky. Záchvěvy ještě nedozněly a markýz již promýšlel obnovu města. Plány rekonstrukce připravil do měsíce. Skupina architektů podle jeho koncepce přetvořila střed města do podoby, která je dodnes považována za příklad moderního urbanismu.
Zemětřesení postihlo Lisabon v době, kdy stát stále těžil z přílivu nerostného bohatství z Ameriky, rostoucí náklady na těžbu zlata v brazilských dolech ale výnos oslabovaly. Král José I. si uvědomoval nutnost omezit závislost Koruny na zdrojích ze zámoří, neměl ale sílu ani nadání cokoliv změnit, a tak svěřil praktické vládní povinnosti do rukou Pombala, který se stal symbolem osvícenského absolutismu v Portugalsku.
Schopný Pombal načerpal řadu zkušeností už jako velvyslanec v Londýně a Vídni. Portugalsku se snažil vytvořit podmínky pro obchodní prosperitu, jaké viděl v Londýně, a jedním z jeho prvních opatření bylo, že povolil obchodníkům nosit meč, aby je alespoň v tomto ohledu postavil na stejnou společenskou úroveň jako šlechtice. Nechyběla mu sebedůvěra ani charisma a navíc se mohl spolehnout na bezvýhradnou královu podporu. Panovník mu ji poskytl i v případech, kdy si sám byl vědom, že jeho první ministr používá pochybné metody a je v zemi stále více neoblíben. Pombal se tak stal sice brilantním a praktickým, zato ale často i brutálním vládcem Portugalska a jeho moc se zvyšovala tak, jak z trosek rostl Lisabon širokých tříd a promenád a vysokých domů s fasádami zdobenými kovovými mřížemi a mansardami.
Nejpůsobivějším výsledkem Pombalovy přestavby je rozlehlé Obchodní náměstí (Praca do Comercio). Nechal ho vystavět na místě královského paláce, jenž se po zemětřesení ocitl v ruinách. Prostranství o úctyhodných rozměrech 177 x 192 m, s jezdeckou sochou Josého I. uprostřed, je otevřeno k řece Tejo. Při pohledu z nábřeží vyhlíží zvláště majestátně triumfální oblouk Arco da Rua Augusta, který navrhl architekt Santos de Carvalho na počest toho, jak se město vypořádalo s následky zemětřesení. Působivá vstupní brána zdobená sochami historických osobností včetně Vasca de Gamy a markýze Pombala otevírá přístup do ulice Rua Augusta, která tvoří osu čtvrti Baixa (Dolní město), zcela nově vybudované po zemětřesení. Sestává ze sítě pravoúhlých, nepříliš širokých ulic, které oddělují stejnoměrné bloky paláců a honosných budov, do nichž se soustředil obchodní, podnikatelský a bankovní život Lisabonu. Ulice nesou dodnes názvy podle řemeslníků, kteří se v nich tehdy soustředili, ať již to byli obuvníci, stříbrotepci a zlatníci či obchodníci a finančníci. Rua Augusta je dnes pěší zónou. Po obou stranách ji lemují butiky, obchody a kavárny. Scházejí se na ní pouliční umělci, prodavači loterijních losů, obchodníčci se slunečními brýlemi i nejrůznějšími cetkami, se svými kouřícími vozíky zde parkují prodavači pečených kaštanů. Všichni touží po přízni turistů, kteří se tady procházejí a večer si u stolků pod širým nebem pochutnávají na místních specialitách.
Na Baixu navazuje náměstí Praca da Figueira, které v Pombalově plánu obnovy města dostalo roli ústředního tržiště. Lisaboňané ho dnes znají spíše jako konečnou stanici několika tramvajových a autobusových linek s novým podzemním parkovištěm. Vévodí mu bronzová jezdecká socha Jana I., neustále obletovaná hejnem holubů. Obchodní tradici udržují desítky krámků v přízemí budov, z nichž většina zatím stále čeká na rekonstrukci. Domy z Pombalovy éry na sousedním, rozlehlejším náměstí Rossio už ale svítí novotou. Náměstí s Národním divadlem a dvěma kašnami je obvyklým místem schůzek, které pokračují v některé z kaváren. Pár desítek metrů severněji leží další lisabonské náměstí, vybudované v duchu Pombalových představ. V místě nynější dolní části ulice Avenida da Liberdade a náměstí Praca dos Restauradores vznikla po zemětřesení promenáda pro veřejnost. Dnes je 90 metrů široká třída se stromořadím, palmami a další zelení živou dopravní cestou. Zvedá se mírně vzhůru k Praca Marques de Pombal. Uprostřed tohoto náměstí – dnes velkého a rušného kruhového objezdu – se zvedá honosný pomník markýze z roku 1934. Pombal stojí na vrcholku sloupu, rukou se opírá o lva, symbol moci, a hledí směrem na Baixu, o jejíž výstavbu se tak zasloužil. Rozbité kvádry a hrozivé kamenné vlny u paty pomníku připomínají zkázu způsobenou zemětřesením. Alegorické sochy na základně pomníku zase zpodobňují Pombalovy politické, vzdělávací a zemědělské reformy, které měly posílit portugalské hospodářství.
Pombal usiloval o to, aby země měla dostatek potravin vlastní produkce, proto podporoval pěstování obilí na úkor vinné révy. Zároveň ale vymezil v údolí řeky Douro vinařskou oblast pro výrobu portského vína, aby zajistil jeho vyšší kvalitu a lepší ceny. Za centrum oblasti, jejíž hranice platí prakticky dodnes, vybral městečko Peso de Régua, odkud tradiční dřevěné plachetnice převážely sudy s portským do Vila Nova de Gaia u Porta, kde dozrávalo. Pombalova vláda dbala na rozvoj řemesel, rozvíjela se výroba hedvábí, vlněného zboží, keramiky a skla. Markýz rovněž podporoval zakládání výsadních obchodních společností, které měly přispívat k rozvoji obchodu, a zároveň modernizoval státní instituce, aby nebyly brzdou hospodářského rozvoje.
Portugalská aristokracie nesla Pombalův mocenský vzestup velmi nelibě, markýz ji však obratným manévrem zastrašil. Využil toho, že se v roce 1758 členové dvou nejurozenějších šlechtických rodů v Portugalsku zapletli do nezdařeného pokusu o atentát na krále a i přes nepřímé důkazy s nimi nemilosrdně zatočil. Nesmiřitelně postupoval i proti jezuitům, které považoval za nepřátelskou ideovou i finanční mocnost uvnitř státu. Řád v roce 1759 zrušil, zabavil jeho majetek a jezuity vypověděl ze země. Otevřel si tím cestu k reformě školství, která mimo jiné podřídila státu proslulou univerzitu v Coimbře, na níž byla kromě toho zřízena přírodovědecká a matematická fakulta.
Smrtí Joseho v roce 1777 Pombalovo slunce zapadlo, bez krále byl bezmocný. Na trůn nastoupila Marie I., která se provdala za svého strýce, jenž s ní vládl jako Pedro III. Z vězení byly propuštěny stovky Pombalových protivníků. Sám byl naopak obžalován a jen vzhledem k jeho nemoci a stáří mu královna prominula hrdelní trest. Musel ale odevzdat většinu majetku. Usadil se na statku ve vesnici Pombal, kde v roce 1782 zemřel. Obnovený Lisabon je jeho velkým pomníkem.