São Miguel se zrodil natřikrát. Nejprve vystoupila nad hladinu moře jeho východní část. Západně od ní vznikl zhruba před půl milionem let další ostrov, oddělen průlivem. Asi před 50 000 lety se nahromaděním čedičových hornin z 230 menších činných vulkánů mezi nimi obě části spojily do současné podoby ostrova…