Československo se otevřelo světu a nejrychlejší cesta našich občanů do zahraničí i cizinců k nám vedla přes ruzyňské letiště. Jeho kapacita se počátkem devadesátých let zvýšila po rekonstrukci stávajícího terminálu, jehož východní část byla určena pro zahraniční odlety, západní pro přílety. Přibyly přepážky na odbavení i nové čekárny. Domácí linky byly odbavovány z nově přistavěné budovy. Došlo také k rekonstrukci povrchu startovacích a přistávacích drah a instalování nových návěstidel.
Provozovatelem a správcem letiště v Praze–Ruzyni (stejně jako v Ostravě, Brně a Karlových Varech) se stala Česká správa letišť. Rozvoji Ruzyně začal konkurovat projekt výstavby Středoevropského letiště v Milovicích, jež opustily sovětské jednotky. Hospodářská rada vlády ho ale označila za předčasný a rizikový a dala zelenou pražskému letišti. Správa letišť i vláda řešily složité otázky financování a výstavby. Nakonec stavbu podle návrhu architektonických kanceláří Scott Associates Architects a Brix & Franta Architekti řídila renomovaná francouzská stavební společnost Bouyges. Po položení základního kamene v červnu 1995 se výstavba rychle rozeběhla. Již v následujícím roce pasažérům sloužily nové čekárny a nástupní prostory v jakýchsi tubusech neboli prstech vybíhajících od terminálu do letištní plochy. Do letadel vcházeli cestující poprvé po pohyblivých teleskopických nástupních můstcích. Jejich počet se po dokončení dalšího prstu zvýšil na dnešních 17. V červnu roku 1997 byla otevřena odbavovací budova Sever 1, elegantní vzdušná konstrukce připomínající křídlo letadla. Cestující v ní mají k dispozici 62 odbavovacích přepážek. Propojena je s halou z roku 1968, jež se změnila v příletový terminál. Kapacita ruzyňského letiště se zvýšila na 4,8 milionu cestujících za rok.
Více než polovinu pasažérů přepravovaly ČSA, které v 90. letech přecházely ze sovětské letecké techniky na stroje západní výroby. Prvními dvěma byly airbusy A 310-300, které aerolinie nasadily především na linky do USA a Kanady. Vyřazované iljušiny a túčka postupně nahrazovaly boeingy určené pro středně dlouhé lety a turbovrtulové letouny ATR, létající na krátkých tratích. Národní dopravce také rozšiřoval svou síť linek, například do izraelského Tel Avivu. Na trhu charterové dopravy pro cestovní kanceláře začala v roce 1997 ČSA konkurovat soukromá letecká společnost Travel Service. Počet denních spojení s Prahou zvyšovaly zahraniční aerolinie, přicházely i nové společnosti.
Ke změnám došlo i v prostoru původního letiště z roku 1937, kde v sousedství historické budovy vznikl nový odbavovací komplex Terminál Jih, určený pro všeobecné letectví, tj. především pro odbavení cestujících, kteří využívají menší soukromá letadla, a vyžadují proto odlišný typ služeb. Rostoucí přeprava zboží přes ruzyňské letiště vedla ČSA k vybudování nového Cargo terminálu. Vybaven je automatickým systémem skladování leteckých palet a kontejnerů a rentgenem typu Back Scatter, jenž umožňuje kontrolu zásilek až do šířky 163 cm. V kombinaci s kamionovým centrem, kurýrním a expresním střediskem a poštou se řadí k nejmodernějším letištním logistickým systémům ve střední a východní Evropě. Letecká doprava u nás procházela v 90. letech velkým rozvojem. Na chuť jí přicházelo stále více lidí. Praha se navíc dostávala do povědomí cizinců jako nádherné město, na jehož návštěvu přilétali zahraniční turisté po tisících. Až do roku 1997 se procentní nárůst počtu odbavených cestujících pohyboval v dvouciferných číslech.
Bylo zřejmé, že letiště už brzy přestane nárokům cestujících stačit a v 21. století bude potřebovat nový terminál.
Jaroslav Skalický