Jihočeské pánve leží vedle sebe jako dvě pootevřené dlaně – Českobudějovická menší, hlubší a více sevřená, Třeboňská velká, mělčí a více otevřená. Ze všech stran jsou obklopeny hornatým nebo alespoň kopcovitým reliéfem a uchovávají si řadu specifických znaků jak přírodních, tak kulturních. A obě jsou velice svérázným typem české krajiny, protože od svého vzniku v dávné geologické minulosti až po současnost, si uchovávají podobu vypuštěné jezerní prohlubně.
Nejprve vznikly jako jediná, nesmírně rozsáhlá sníženina, vyvolaná tlakem od jihu, při počátcích alpského vrásnění. První poklesy zemských ker podél hlubinných zlomů začaly už koncem křídy, asi před 100 miliony lety, a pak pokračovaly prakticky do současnosti. Kdybychom již tenkrát obývali Českou kotlinu, nestýskali bychom si, že nemáme moře. Koncem druhohor jsme měli dokonce dvě – jedno na severovýchodě, po němž zůstaly pískovce Českého ráje a druhé dvakrát vpadlo z oblasti alpské předhlubně (v místech dnešního Dunaje) úzkým chobotem právě do jihočeské pánve. Jak Alpy rostly, zvedal se i okraj Českého masivu a pánevní prohlubně pak po většinu času zaplavovalo sladkovodní jezero s odtokem k jihu. Jaká to musela být krásná, rozlehlá hladina. Hloubka jihočeského jezera nepochybně kolísala a snad došlo i několikrát k jeho vyschnutí, ale voda se do této obrovité pánve vždy znovu vrátila. Velká přestavba jezerního dna nastala relativně nedávno (s ohledem na trvání pánve), až koncem třetihor, před 3—4 miliony let. Tehdy, při opětovném neklidu na zlomech jezerního dna, začala být jedna z propadlých ker vytlačována vzhůru jako hrásť. Dnes jí říkáme Lišovský a někdy i Rudolfovský práh. Jeho nejvyšším bodem je vrch Větrník (568 m) u Lišova. Touto hrástí, která se táhne napříč celou původní jezerní prohlubní, vznikly dvě různé pánve, které se poslední 3 miliony let vyvíjejí samostatně, i když dost podobně. Ze dna pánví se hrásťový práh jeví jako obrovitá hráz, ve které jako by se vzhlédly hráze budoucích rybníků. Pro orientaci připomeňme, že na strmých svazích hrástě leží nejen dvě obce – Lišov z třeboňské a Rudolfov z budějovické strany – ale také zámek Hluboká.
Za sto milionů let existence pánví se na jejich dnech usadily stametrové vrstvy usazenin, které nad nejhlouběji propadlými krami dosahují mocnost až 480 metrů. Leží tu hlavně jíly, štěrky a písky, které se stále a v různé síle vrstev střídají. V mělkých částech pánve se dokonce začaly ze zbytků rostlin tvořit uhelné sloje, které jsou v první fázi prouhelňování a mají podobu lignitu.
Nejtěžším zásahem do odvěkého a pozvolného vývoje rostlin a živočichů naší krajiny bylo náhlé celoplanetární ochlazení, známé doby ledové. Do jihočeských pánví vpadl chlad brzy poté, co se mezi nimi zvedl Lišovský práh, a tak toto těžké období podstoupily každá zvlášť a s různými následky.
Třeboňská pánev je velice rozsáhlá a daleko přesahuje území, jemuž dnes říkáme Třeboňsko. Na východě ji uzavírají svahy Českomoravské vrchoviny, na jihu a jihozápadě Novohradské hory. Mezi těmito dvěma horskými masivy proniká pánev daleko na rakouské území v podobě široké nivy podél řeky Lužnice, kde jí říkají Lainsitz. Na západě je uzavřená hrástí Lišovského prahu, který se na severu napojuje na vyzdviženou Táborskou plošinu.
Třeboňská pánev leží v nadmořských výškách 420—480 metrů a její krajina je převážně plochá. Má však několik přírodních pozoruhodností, kterými se liší od pánve Českobudějovické. Především jsou to její chlumy – nevysoké kopce a pahorky, rozložené při severovýchodním okraji pánevního dna. Geologicky jsou to prastaré horniny, výběžky žul a jim podobných hornin ze sousední Českomoravské vrchoviny. Kdyby byla pánev zaplněna vodou, jezerní usazeniny by tyto výchozy zcela zakryly. V současném bezjezerním stádiu jsou však usazeniny z nejvyšších exponovaných míst splavovány a východní okraj pánve dostává pahorkatinný charakter. Na nejvyšších místech pahorků a kopců se už proklubává na denní světlo žulové podloží v podobě rozpadlých skal a skalek nebo jen zaoblených obrovských balvanů. Tyto skalnaté vrcholy nemohly být nikdy zemědělsky využívány, a tak zarůstaly křovinami a řídkými lesíky. A právě těmto zarostlým kopečkům se dříve říkalo chlumy. Podle nich dostal název jak východní cíp Třeboňské pánve – Chlumská pahorkatina, tak i městečko posazené mezi nimi – Chlum u Třeboně.
Jiným výrazným znakem Třeboňské pánve jsou rašeliniště, v jižních Čechách známá jako blata. Některá jsou drobná, sotva pár arů, jiná rozlehlá jako největší zdejší rybníky. Jsou pozůstatkem po ochlazení v poslední době ledové, která po sobě zanechala na dně pánve stovky jezer a jezírek. Mnohá další vznikla i v mrtvých ramenech podél meandrující Lužnice. Na konci poslední doby ledové, asi před 12 tisíci lety, vypadala česká krajina podobně, jako švédská či finská tundra v blízkosti polárního kruhu. Jezera a tůňky zarůstaly vodními rostlinami a jejich zbytky na dně postupně tlely. Už asi před pěti tisíciletími, kdy bylo podnebí podobné tomu dnešnímu, byla většina jezer zcela vyplněna tlejícími zbytky vegetace a zvolna zarůstala různými mechy, především rašeliníkem a borovicí blatkou. Dnes leží povrch blat přesně na úrovni podzemní vody a splývá s okolní plochou krajinou. Kdo však do těchto míst vstoupí, cítí, jak se pod ním rašelina houpe. Hloubka blat bývá od dvou do deseti metrů a není proto radno tudy chodit.
Další přírodní raritou Třeboňské pánve jsou písečné přesypy, staré písečné duny vyfoukané větrem také koncem doby ledové, kdy naše země ležela v předpolí kontinentálního ledovce – celá zkřehlá, na kost promrzlá a téměř bez vegetace, která by chránila její povrch. Ledový vichr se proháněl pustou krajinou a zvedal prach a naplavený písek. Největší písečné duny se jmenují Slepičí vršek (426 m), který leží severně od vsi Lužnice, u bažin rybníka Potěšil a Písečný přesyp u Vlkova na jih od Veselí n. L. Obě duny zarůstají pískomilnou vegetací a zejména Slepičí vršek působí uprostřed rybniční krajiny velice exoticky. Podobně jako blata jsou i písečné přesypy chráněny jako přírodní památky.
Dno Třeboňské pánve je prosáknuté vodou. Zdejší obyvatelé by o tom mohli vyprávět – stačí večer vykopat jámu a ráno je plná vody. Při rozsáhlé těžbě písků, bývalých jezerních usazenin, se často už v hloubce několika decimetrů odkrývá hladina podzemní vody a vznikají tak nová hloubená jezera – bez odtoku a bez přítoku. Jsou jako rány prořezané tenkou kůrou na podzemní mízu kolující pod povrchem krajiny, a jejich případné znečištění se může stát infekcí, která zasáhne celé pánevní území.
I když pánevní prohlubeň už není zaplavena jezerem, případně jezery, stále zůstává svými přírodními dispozicemi místem, které si o vodní hladinu doslova říká. A když rožmberští rybníkáři začali stavět své rybniční hráze, nenaplňovali jen přání svých pánů či své vlastní tvůrčí ambice, ale vyšli vstříc i krajině, která po jezerech touží – co na tom, že jim říkáme rybníky. Některé z nich jsou velké jako jezera.