Chráněná krajinná oblast Třeboňsko byla vyhlášena v roce 1979, ale už o dva roky dříve bylo toto území zařazeno mezi biosférické rezervace UNESCO s plochou asi 700 km2. Ve srovnání s většinou chráněných území světa má Třeboňsko zcela odlišný charakter. Nereprezentuje původní, člověkem minimálně narušenou krajinu, ale naopak je krajinou z velké části přetvořenou. Na místě původních, více či méně vlhkých pralesů, močálů a rašelinišť vznikla během staletí unikátní mozaika rybníků, lesů, rašelinišť, vodních toků, luk i polních kultur a lidských sídel. Zakládáním rybníků na místě původních močálů nedošlo k vyhubení zde žijících druhů, protože okraje těchto vodních nádrží původní biotopy do jisté míry nahradily. Navíc zde vznikly biotopy nové, ať již charakteru velkých, mělkých jezer či otevřené kulturní krajiny, do kterých postupně pronikly druhy, které zde dříve, uprostřed hlubokých lesů, nežily. Hospodářské zásahy, probíhající zde po staletí, však nezasáhly celou oblast, a tak se na mnoha místech zachovala i společenstva původní.

Díky této obrovské pestrosti biotopů, ať již původních či umělých, zde žije na malé ploše takové množství druhů, jaké patrně nikde jinde ve střední Evropě nenajdeme. Až na pár písečných, extrémně suchých lokalit, je Třeboňsko především územím mokřadů. Více než 500 rybníků, četné močály a rozsáhlá rašeliniště se vzácnou florou a faunou byly jako nejcennějších části zařazeny mezi tzv. Ramsar sites (RS), mokřady mezinárodního významu, chráněné Ramsarskou konvencí. Je to RS Třeboňské rybníky o ploše 10 165 ha, z čehož na rybníky připadá 5289 ha, což představuje 70 % rybníků na Třeboňsku. Druhým RS oblasti jsou Třeboňská rašeliniště, asi 1100 ha navzájem izolovaných „ostrovů“ rašelinišť, a to dvou typů. Jednak to jsou lesní rašeliniště s borovicí blatkou a rojovníkem bahenním, jednak minerotrofní rašeliniště ve výtopě rybníků.

Z mnoha živočichů Třeboňska jsou nejnápadnější vodní ptáci. Skoro na všech větších rybnících lze spatřit potápku roháče, zatímco pro menší, zarostlé rybníky, je typická potápka malá. V koloniích hnízdící potápka černokrká se, bohužel, v posledních letech z třeboňských rybníků vytrácí.

Počátkem osmdesátých let se na Třeboňsku objevila hnízdní kolonie kormorána velkého, která v současné době čítá 60—100 párů. Kormorán je rybožravý pták, který spotřebuje denně asi půl kilogramu ryb a navíc při jejich lovu mnoho ryb poraní. Působí tak značné škody, a proto je povolena jeho částečná regulace a škody jsou rybářům kompenzovány státem.

Typickými ptáky vodní hladiny jsou kachny a husy. Rybníky Velký Tisý a Horusický jsou letními a podzimními shromaždišti hus velkých, kterých se sem slétá až dvanáct tisíc. Pozorování protahujících hejn hus patří k nejpůsobivějším zážitkům pozdního léta. Zejména na jaře, v době hnízdění je radost pozorovat některé z devíti druhů kachen, které na hladinu vyvádějí šňůrky svého potomstva. Mezi nejvzácnější patří hohol severní a zrzohlávka rudozobá.

Velkou pýchou Třeboňska je prosperující hnízdní populace nejméně dvanácti párů orla mořského. Patří k nejvýznamnějším v rámci celé střední Evropy. S tímto impozantním dravcem se může návštěvník Třeboňska setkat u rybníků kdykoliv, s největší pravděpodobností ale v době, kdy hladiny začínají zamrzat. To se orli zdržují v blízkosti kachních hejn na posledních zbytcích dosud nezamrzlé vody. Někdy je možné spatřit až deset exemplářů pohromadě. Dalším typickým dravcem mokřadů je pochop rákosní, jehož hnízda jsou ukryta v pobřežních porostech rybníků.

Mokřady tradičně obsazují brodiví ptáci. Nejběžnější je volavka popelavá, dvě hnízdní kolonie kvakoše nočního na Třeboňsku čítají asi 120 párů. Bukač velký a bukáček malý, v minulosti zcela běžní, jsou dnes spíše vzácností. Běžný je i čáp bílý, který si staví svá hnízda v okolí lidských staveb a v mokřadech potravu pouze loví. Naopak v lesích, především na borovicích, hnízdí asi deset párů velmi plachého čápa černého. Charakteristickými druhy mokřadních biotopů jsou i bahňáci. Třeboňsko je významnou zastávkou na podzimním i jarním tahu vodoušů, jespáků, kulíků a dalších druhů, hnízdících v severnějších částech Evropy. Jen pár druhů zde, v okolí rybníků, i hnízdí.

Nejpočetnějším obyvatelem jihočeských rybníků je racek chechtavý, hnízdící v několika velkých a ukřičených kolonií. Rackům podobný, ale podstatně vzácnější je rybák obecný, který v současné době hnízdí především na umělých, písčitých ostrůvcích, vybudovaných Správou CHKO. Srdce každého znalce ptačí říše potěší hnízdečko rybáka černého. Zdejší ochranáři objevili v letošním roce takových hnízd pět – jednak v polehlých rákosinách a také na připravených umělých plovoucích podložkách.

V rákosinách kolem rybníků jsou ukryta hnízda lysek a vzácných chřástalů vodních i hnízda některých pěvců, především rákosníků, cvrčilek, slavíka modráčka či velmi vzácné sýkořice vousaté.

Na rybnících se však nezabydleli jenom ptáci. Je potěšující, že se na Třeboňsko zase vrátila vydra říční. V rámci střední Evropy si tady vytvořila nejstabilnější populaci, odhadovanou na 150 kusů.

Některé rybníky, především ty menší, s čistou vodou, položené uprostřed lesů, obývá několik druhů vzácnějších obojživelníků, mimo jiné skokanů ostronosých či kuněk ohnivých. Jsou tady i cenná rostlinná společenstva. Svérázný svět hmyzu navenek reprezentují především různé vážky, šídla, šidélka a motýlice. Na lov na vodní hladině, tak běžné na Třeboňsku, se specializoval i mohutný pavouk – lovčík vodní.

Bohužel, většina třeboňských rybníků, hlavně těch velkých, má dnes poněkud jiný charakter. Intenzivní chov ryb, především věčně hladového kapra, způsobuje, že rybníky jsou vyjedené. Často zde kromě kaprů bývá jenom kalná, neprůhledná voda, ze které nakonec zmizí i většina vodních ptáků, kteří se zde neuživí.

Rašeliniště jsou na rozdíl od rybníků zcela jiným světem. Rostou zde jiné rostliny, žijí zde jiní, často nenápadní bezobratlí živočichové. Najdeme mezi nimi řadu glaciálních reliktů, tedy druhů, které se díky specifickým podmínkám rašeliniště udržely na našem území od konce ledových dob. Typickými druhy rašeliniště jsou například žluťásek borůvkový, pouzdrovníček rojovníkový, dřevobarvec vlochyňový, můra vlochyňová, píďalička rojovníková, šídlo rašelinné, vážka tmavoskvrnná a mnoho dalších. Třeboňská rašeliniště však nejsou tak velká, aby se v nich udržela specifická fauna obratlovců.

Běžného návštěvníka rašeliniště spíše zaujme specifická atmosféra těchto míst. Mezi nejatraktivnější zcela jistě patří Národní přírodní rezervace Červené blato. Uprostřed porostů borovice blatky, s keřovitým rojovníkem bahenním v podrostu, se otvírají bezlesé enklávy – v minulosti vytěžené plochy, na kterých dnes rašeliniště regeneruje.

Pro návštěvu rašeliniště je asi nejvhodnější období od konce května do června. V této době kvetou rojovníky a bílé chomáčky suchopýrů kývajících se na dlouhých stvolech jsou jako tančící vločky. Rybníky jsou pro návštěvníky zajímavé skoro po celý rok. V březnu začínají tahy vodních ptáků, které vrcholí v dubnu. Pak přichází kvetoucí jaro s mláďaty na hladině, v srpnu přilétají hejna hus. Podzim charakterizují výlovy a záhy se na obnažených dnech rybníků objevují bahňáci. A v prosinci, když se hladina uzavře ledovým krunýřem, jsou na bílých plání vidět temné siluety orlů.