Největším bohatstvím Šumavy jsou však její lesy. Do své dnešní podoby se vyvíjely více než deset tisíciletí a jejich druhová skladba se ustálila zhruba před třemi tisíciletími. Tyto původní lesy by na Šumavě rostly dodnes, kdyby do nich nepřišel člověk.
Nejrozšířenější byly takzvané květnaté bučiny. Krásné smíšené lesy, v nichž kralovaly buky a jedle, a jejichž příměsí byly javory mléče, kleny a smrky. S příchodem jara začínaly postupně kvést. Nejprve se rozvíjely hájové byliny, ty pak následovaly keře a jako poslední rozkvétaly a olistily se koruny stromů. Tyto původní bučiny se jen ojediněle uchovaly na jihu a jihovýchodě Šumavy a zůstaly také v údolích horských řek. Smíšené lesy vystupovaly až na Pláně, ale s přibývající výškou se jejich skladba měnila – přibývalo smrků a nově se objevovaly jeřáby ptačí, a tak postupně přecházely v horské bučiny. Ty byly temnější a v jejich přízemním patře se udržely už jenom traviny, kapradiny a z keřů hlavně drobné borůvky. Rostly až do výšek kolem 1200 metrů a dodnes jsou přirozeným pokračováním květnatých bučin, například v okolí Železné Rudy. Jsou také základem Milešického pralesa.
Původní horské smrčiny obsadily nejvyšší místa pohoří. Zůstávají základem Královského hvozdu a Boubínského pralesa, porůstají svahy Jezerní hory a dalších hor zvedajících se nad Pláněmi. Vždy v nich vládl šumavský smrk, který se po tisíciletí přizpůsoboval místním klimatickým podmínkám. Je vysoký a štíhlý, s větvemi téměř „připaženými“, aby po nich mohly každoroční spousty sněhu snadno sklouznout na zem.
Když byly v polovině 19. století původní lesy téměř vykáceny, majitelé polesí nechali na holinách vysazovat především rychle rostoucí a pro těžbu nejžádanější smrky. Nejprve se vysévala semena z původních šumavských smrků, ale kolem roku 1870 použili hajní semena ze šišek posbíraných v šumavském podhůří, dokonce i z lesů v rakouských Alpách. Tyto nepůvodní smrkové monokultury znehodnotily kvalitu místních lesů a jsou dnes největším šumavským problémem. Postihují je polomy a kůrovcové kalamity.Veškeré diskuse o tom, jak čelit lýkožroutu smrkovému – zda postižené stromy likvidovat nebo vše ponechat samovolnému vývoji – jsou v podstatě bezpředmětné, protože obojí je špatné. Jediným řešením s trvalým účinkem je obnova přirozených porostů. Jejich genofond dosud uchovávají ostrůvky původních lesních společenstev, odkud by také měla vzejít nová, zdravější generace obnovených šumavských lesů.